Обитель основана афонскими монахами. Также исторически монастырь следовал афонскому уставу. Божиим Промыслом, Михайло – Афонская обитель, единственный монастырь на Северном Кавказе, в котором сохранились честные останки основателя и доступны для поклонения.
Ктитором монастыря являлся Михаил Николаевич Романов (родной брат Александра II). Покровителями обители являются династия Романовых.
Основан по инициативе казачества, является казачьим монастырем, а так же монастырем памятником воинской славы.
Географическая особенность. Монастырь находится на высоте 920 м над уровнем моря, а гора Физиагбо, на вершине которой восстановлен храм Преображения Господня находится на высоте 988 м над уровнем моря. Монастырь является самым высокогорным из исторических обителей Юга России и действующим монастырем.