С возрождением обители в Михайловскую пустынь Божьим промыслом прибывают святыни, коих до разрушения монастыря было большое количество. Одна из главных святынь - частичка ЧЕСТНОГО И ЖИВОТВОРЯЩЕГО КРЕСТА ГОСПОДНЯ.

Также в обители имеются частички мощей:

  • СВТ. ВАСИЛИЯ ВЕЛИКОГО - житие
  • ВМЧ. ДИМИТРИЯ СОЛУНСКОГО - житие
  • СВТ. ТИХОНА ЗАДОНСКОГО
  • РАВНОАП. МАРИИ МАГДАЛИНЫ
  • СВ. ВМЧ. ПАНТЕЛЕИМОНА
  • СВ. ВМЧ. ГЕОРГИЯ ПОБЕДОНОСЦА
  • СВ. ПРОРОКА И ПРЕДТЕЧИ ГОСПОДНЯ ИОАННА КРЕСТИТЕЛЯ
  • СВТ. ДМИТРИЯ РОСТОВСКОГО
  • СВТ. ФЕОФАНА ЗАТВОРНИКА
  • ВМЧ. ВАРВАРЫ (ПОДВОРЬЕ БЕРЕГОВОЕ)
  • ПРП. АГАПИТА КИЕВО-ПЕЧЕРСКОГО (ПОДВОРЬЕ БЕРЕГОВОЕ)
  • СВТ. ПРП. МОИСЕЯ ОПТИНИСКОГО
  • СВТ. ПРП. АМВРОСИЯ ОПТИНИСКОГО
  • СВТ. ПРП. ЛЬВА ОПТИНИСКОГО
  • СВТ. ПРП. МАКАРИЯ ОПТИНИСКОГО
  • СВТ. ПРП. ИСААКИЯ ОПТИНИСКОГО
  • СВТ. ПРП. НИКОНА ОПТИНИСКОГО
  • СВТ. ПРП. НЕКТАРИЯ ОПТИНИСКОГО
  • СВТ. ПРП. ИОСИФА ОПТИНИСКОГО
  • СВТ. ПРП. АНТОНИЯ ОПТИНИСКОГО
  • СВТ. ПРП. АНАТОЛИЯ ОПТИНИСКОГО
  • СВТ. ПРП. ВАРСАНОФИЯ ОПТИНИСКОГО
  • СВТ. ПРП. ИЛАРИОНА ОПТИНИСКОГО
  • СВТ. ПРП. МАКСИМА ГРЕКА
  • ПРП. ГЕРМАНА САВВАТИЯ И ИРИНАРХА СОЛОВЕЦКИХ
  • СВТ. ФИЛОРЕТА ПАТР. МОСКОВСКОГО
  • ПРП. МЧ. КИПРСКОГО БЕЗЫМЯНОГО
  • ПРП. ЕФРОСИНИИ ПОЛОЦКОЙ
  • СВ. МУЧЕНИКОВ ВИЛЕНСКИХ
  • ЧАСТИЦА ГРОБА ТИХОНА ПАТР. МОСКОВСКОГО
  • СВЩ. МЧ. АРХ. ФАДДЕЯ ТВЕРСКОГО
  • ПРП. АНДРЕЯ СВТ. КРИТСКОГО
  • СВЩ. МЧ. ХАРЛАМПИЯ
  • ПРП. МОИСЕЯ УГРИНА ЧУДОТВОРЦА ПЕЧЕРСКОГО
  • ПРП. ФЕДОРА МОЛЧАЛИВОГО
  • ПРП. ИОСИФА МНОГОБОЛЕЗНЕННОГО
  • ПРП. АРСЕНИЯ ТРУДОЛЮБИВОГО
  • ПРП. ИЛЛАРИОНА СХИМНИКА
  • СВЩ. МЧ. ЛУКИАНА
  • ПРП. МУЧЕНИКОВ ХОЗЕВИТСКИХ
  • ПРП. КУКШЫ ОДЕССКОГО (ЧАСТИЧКА МАНТИИ)
  • ПРП. МЧ. ЛУКИАНА ПЕЧЕРСКОГО
  • СВТ. МИТРОФАНА ВОРОНЕЖСКОГО
  • ПРП. АРСЕНИЯ КОНЕВСКОГО
  • ЧАСТИЦА ГРОБА ПРП. ДОЛМАТА
  • СВ. МЧЧ. ПРОВА ТАРАХА И АНДРОНИКА
  • СВЩ. МЧ. ФЕОДОРА (РЕМИЗОВА)
  • СВТ. ГУРИЯ АРХ. ТАВРИЧЕСКОГО
  • ПРПП. СЕРАФИМА ИННОКЕНТИЯ МАКАРИЯ ГЛИНСКИХ
  • СВЩ. МЧ. СЕРГИЯ ПРЕСВИТЕРА (ВАСИЛЬКОВСКОГО)
  • И ДРУГИХ УГОДНИКОВ БОЖИИХ

Также имеются частичка гроба феодосия Кавказского и частичка ткани эполет императора Николая Первого.

Совсем недавно появились афонские иконы, которые были специально написаны для нашей обители греческими монахами на скиту, принадлежащего монастырю Святого Павла, и являются благословением Святой Горы Афон:

На подворье в п. Хамышки находится икона Тихвинской Божьей Матери (копия, освященная на чудотворной иконе Тихвинской Божьей Матери).