С возрождением обители в Михайловскую пустынь Божьим промыслом прибывают святыни, коих до разрушения монастыря было большое количество. Одна из главных святынь - частичка ЧЕСТНОГО И ЖИВОТВОРЯЩЕГО КРЕСТА ГОСПОДНЯ.
Также в обители имеются частички мощей:
- СВТ. ВАСИЛИЯ ВЕЛИКОГО - житие
- ВМЧ. ДИМИТРИЯ СОЛУНСКОГО - житие
- СВТ. ТИХОНА ЗАДОНСКОГО
- РАВНОАП. МАРИИ МАГДАЛИНЫ
- СВ. ВМЧ. ПАНТЕЛЕИМОНА
- СВ. ВМЧ. ГЕОРГИЯ ПОБЕДОНОСЦА
- СВ. ПРОРОКА И ПРЕДТЕЧИ ГОСПОДНЯ ИОАННА КРЕСТИТЕЛЯ
- СВТ. ДМИТРИЯ РОСТОВСКОГО
- СВТ. ФЕОФАНА ЗАТВОРНИКА
- ВМЧ. ВАРВАРЫ (ПОДВОРЬЕ БЕРЕГОВОЕ)
- ПРП. АГАПИТА КИЕВО-ПЕЧЕРСКОГО (ПОДВОРЬЕ БЕРЕГОВОЕ)
- СВТ. ПРП. МОИСЕЯ ОПТИНИСКОГО
- СВТ. ПРП. АМВРОСИЯ ОПТИНИСКОГО
- СВТ. ПРП. ЛЬВА ОПТИНИСКОГО
- СВТ. ПРП. МАКАРИЯ ОПТИНИСКОГО
- СВТ. ПРП. ИСААКИЯ ОПТИНИСКОГО
- СВТ. ПРП. НИКОНА ОПТИНИСКОГО
- СВТ. ПРП. НЕКТАРИЯ ОПТИНИСКОГО
- СВТ. ПРП. ИОСИФА ОПТИНИСКОГО
- СВТ. ПРП. АНТОНИЯ ОПТИНИСКОГО
- СВТ. ПРП. АНАТОЛИЯ ОПТИНИСКОГО
- СВТ. ПРП. ВАРСАНОФИЯ ОПТИНИСКОГО
- СВТ. ПРП. ИЛАРИОНА ОПТИНИСКОГО
- СВТ. ПРП. МАКСИМА ГРЕКА
- ПРП. ГЕРМАНА САВВАТИЯ И ИРИНАРХА СОЛОВЕЦКИХ
- СВТ. ФИЛОРЕТА ПАТР. МОСКОВСКОГО
- ПРП. МЧ. КИПРСКОГО БЕЗЫМЯНОГО
- ПРП. ЕФРОСИНИИ ПОЛОЦКОЙ
- СВ. МУЧЕНИКОВ ВИЛЕНСКИХ
- ЧАСТИЦА ГРОБА ТИХОНА ПАТР. МОСКОВСКОГО
- СВЩ. МЧ. АРХ. ФАДДЕЯ ТВЕРСКОГО
- ПРП. АНДРЕЯ СВТ. КРИТСКОГО
- СВЩ. МЧ. ХАРЛАМПИЯ
- ПРП. МОИСЕЯ УГРИНА ЧУДОТВОРЦА ПЕЧЕРСКОГО
- ПРП. ФЕДОРА МОЛЧАЛИВОГО
- ПРП. ИОСИФА МНОГОБОЛЕЗНЕННОГО
- ПРП. АРСЕНИЯ ТРУДОЛЮБИВОГО
- ПРП. ИЛЛАРИОНА СХИМНИКА
- СВЩ. МЧ. ЛУКИАНА
- ПРП. МУЧЕНИКОВ ХОЗЕВИТСКИХ
- ПРП. КУКШЫ ОДЕССКОГО (ЧАСТИЧКА МАНТИИ)
- ПРП. МЧ. ЛУКИАНА ПЕЧЕРСКОГО
- СВТ. МИТРОФАНА ВОРОНЕЖСКОГО
- ПРП. АРСЕНИЯ КОНЕВСКОГО
- ЧАСТИЦА ГРОБА ПРП. ДОЛМАТА
- СВ. МЧЧ. ПРОВА ТАРАХА И АНДРОНИКА
- СВЩ. МЧ. ФЕОДОРА (РЕМИЗОВА)
- СВТ. ГУРИЯ АРХ. ТАВРИЧЕСКОГО
- ПРПП. СЕРАФИМА ИННОКЕНТИЯ МАКАРИЯ ГЛИНСКИХ
- СВЩ. МЧ. СЕРГИЯ ПРЕСВИТЕРА (ВАСИЛЬКОВСКОГО)
- И ДРУГИХ УГОДНИКОВ БОЖИИХ
Также имеются частичка гроба феодосия Кавказского и частичка ткани эполет императора Николая Первого.
Совсем недавно появились афонские иконы, которые были специально написаны для нашей обители греческими монахами на скиту, принадлежащего монастырю Святого Павла, и являются благословением Святой Горы Афон:
На подворье в п. Хамышки находится икона Тихвинской Божьей Матери (копия, освященная на чудотворной иконе Тихвинской Божьей Матери).
